了解斑马鱼品系命名规则

日期: 2019-08-16
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斑马鱼品系的命名规则


近年来我国的斑马研究发展迅速。2018年,我国斑马鱼相关研究论文在国际论文中占比已超过26%。中国成为仅次于美国的第二大斑马鱼研究大国。随着研究工作的蓬勃发展,我国实验室构建和保存的斑马鱼突变品系、转基因品系数量也越来越多。为方便同行分享、优化资源、避免重复,斑马鱼的规范命名工作势在必行。本文在此简要介绍斑马鱼品系的命名规则。


首先,机构在为新创制的斑马鱼品系申请命名前,需先申请确定一个“机构命名代码”。在过去,斑马鱼品系是以实验室为命名单位。但近年来由于斑马鱼实验室数量激增,新的命名规则改为采用以实验室所属机构为命名单位。注意:同属一家机构的实验室应当共同协商、共同确认机构命名代码。


机构命名代码


三个符合
1. 首选2个字母的名称;其次再考虑3个字母的名称。
2. 不得与任何斑马鱼、人类或小鼠基因名称或表型名称相冲突。
3. 不得与其他已有的机构命名代码冲突。例如,“t”已被注册为Tubingen的代码,但以“t”开头的大多数2个字母组合名称仍可使用。


斑马鱼品系的命名:


五个规则
1. 每个等位基因的命名必须是唯一的。由于每个机构都有不同的机构命名代码,因此所有品系都是唯一标识的。检索ZFIN网站的代码清单表格可以查找全部已有的机构命名代码。
2. 命名若以d开头则表示该突变为显性突变;否则为隐性突变。因此,d不能作为任何机构命名代码的开头。
3. 机构命名代码其后应跟着唯一的数字编号
4. 数字编号后可增加字母后缀,但字母后缀不能紧跟机构命名代码。
5. 品系命名只能使用字母和数字。
 




命名举例:
1. 美国俄勒冈州尤金市(俄勒冈大学所在地)所有创制的等位基因名称都以b开头,并按等位基因被创制的顺序编号;cycb16是表明这是尤金的研究者创制的cyclops这个基因的突变b16
2. 清华大学的机构命名代码为tsu,所有来自清华大学的斑马鱼品系都以tsu开头。例如隐性突变foxj1btsu10Gt/+ 
3. 中国科学院水生生物研究所拥有全国数量最多的斑马鱼研究团队,无论其中哪一个团队创制的品系都以机构命名代码ihb开头。例如性突变esr2aihb296/+
4. 由我国科学家组成的“斑马鱼全基因组敲除联盟(ZAKOC)”在相关系统敲除项目中创制的品系都以zko为机构命名代码,例如突变dcaf15zko1080a/+


以上品系命名规则只是斑马鱼整体命名规则中的一小部分,完整的命名规则欢迎查看原文链接中的PDF文档


如您要为实验室申请新的品系名称,请联系ZFIN的斑马鱼命名协调员(nomenclature@zfin.org)。


内容来源:中国斑马鱼信息中心

原文作者:张昀

审校编辑:潘鲁湲

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