了解斑马鱼品系命名规则

日期: 2019-08-16
浏览次数: 15

斑马鱼品系的命名规则


近年来我国的斑马研究发展迅速。2018年,我国斑马鱼相关研究论文在国际论文中占比已超过26%。中国成为仅次于美国的第二大斑马鱼研究大国。随着研究工作的蓬勃发展,我国实验室构建和保存的斑马鱼突变品系、转基因品系数量也越来越多。为方便同行分享、优化资源、避免重复,斑马鱼的规范命名工作势在必行。本文在此简要介绍斑马鱼品系的命名规则。


首先,机构在为新创制的斑马鱼品系申请命名前,需先申请确定一个“机构命名代码”。在过去,斑马鱼品系是以实验室为命名单位。但近年来由于斑马鱼实验室数量激增,新的命名规则改为采用以实验室所属机构为命名单位。注意:同属一家机构的实验室应当共同协商、共同确认机构命名代码。


机构命名代码


三个符合
1. 首选2个字母的名称;其次再考虑3个字母的名称。
2. 不得与任何斑马鱼、人类或小鼠基因名称或表型名称相冲突。
3. 不得与其他已有的机构命名代码冲突。例如,“t”已被注册为Tubingen的代码,但以“t”开头的大多数2个字母组合名称仍可使用。


斑马鱼品系的命名:


五个规则
1. 每个等位基因的命名必须是唯一的。由于每个机构都有不同的机构命名代码,因此所有品系都是唯一标识的。检索ZFIN网站的代码清单表格可以查找全部已有的机构命名代码。
2. 命名若以d开头则表示该突变为显性突变;否则为隐性突变。因此,d不能作为任何机构命名代码的开头。
3. 机构命名代码其后应跟着唯一的数字编号
4. 数字编号后可增加字母后缀,但字母后缀不能紧跟机构命名代码。
5. 品系命名只能使用字母和数字。
 




命名举例:
1. 美国俄勒冈州尤金市(俄勒冈大学所在地)所有创制的等位基因名称都以b开头,并按等位基因被创制的顺序编号;cycb16是表明这是尤金的研究者创制的cyclops这个基因的突变b16
2. 清华大学的机构命名代码为tsu,所有来自清华大学的斑马鱼品系都以tsu开头。例如隐性突变foxj1btsu10Gt/+ 
3. 中国科学院水生生物研究所拥有全国数量最多的斑马鱼研究团队,无论其中哪一个团队创制的品系都以机构命名代码ihb开头。例如性突变esr2aihb296/+
4. 由我国科学家组成的“斑马鱼全基因组敲除联盟(ZAKOC)”在相关系统敲除项目中创制的品系都以zko为机构命名代码,例如突变dcaf15zko1080a/+


以上品系命名规则只是斑马鱼整体命名规则中的一小部分,完整的命名规则欢迎查看原文链接中的PDF文档


如您要为实验室申请新的品系名称,请联系ZFIN的斑马鱼命名协调员(nomenclature@zfin.org)。


内容来源:中国斑马鱼信息中心

原文作者:张昀

审校编辑:潘鲁湲

转载请注明来源



News / 相关新闻 More
2019 - 08 - 16
斑马鱼品系的命名规则近年来我国的斑马鱼研究发展迅速。2018年,我国斑马鱼相关研究论文在国际论文中占比已超过26%。中国成为仅次于美国的第二大斑马鱼研究大国。随着研究工作的蓬勃发展,我国实验室构建和保存的斑马鱼突变品系、转基因品系数量也越来越多。为方便同行分享、优化资源、避免重复,斑马鱼的规范命名工作势在必行。本文在此简要介绍斑马鱼品系的命名规则。首先,机构在为新创制的斑马鱼品系申请命名前,需先申请确定一个“机构命名代码”。在过去,斑马鱼品系是以实验室为命名单位。但近年来由于斑马鱼实验室数量激增,新的命名规则改为采用以实验室所属机构为命名单位。注意:同属一家机构的实验室应当共同协商、共同确认机构命名代码。机构命名代码:三个符合1. 首选2个字母的名称;其次再考虑3个字母的名称。2. 不得与任何斑马鱼、人类或小鼠基因名称或表型名称相冲突。3. 不得与其他已有的认...
2019 - 08 - 12
你是否能想到你的肠道也有特殊的主动技能来抵御对你有害的物质。8月7日发表在《美国国家科学院院刊(PNAS)》上的一项研究,来自美国杜克大学的研究团队发现,斑马鱼肠道内的细胞(可能也包括人类)在面对某些毒素时会使用一种不同寻常的防御机制—— “按下弹出键”,排出有害物质。杜克大学的研究生Ted Espenschied说:“肠道的工作非常具有挑战性,它需要处理我们摄入或产生的各种化学物质,而其中有些是具有破坏性的。因此,它已经进化出许多抵御这些破坏作用的有趣方法。”这项研究是Espenschied毕业论文的一部分。该研究团队测试了超过20种非甾体抗炎药(NSAID),试图将斑马鱼作为研究肠道化学损伤的新模型。这种鱼的饲养成本很低且易于繁殖,最重要的是,它们在生命早期是半透明的,很容易通过罐水进行化学品接触和测量其环境条件。在这项研究中,研究人员发现了一些意外事件。杜克大学微生物中心主任、分子遗...
2019 - 08 - 08
本文转载自BioArt撰文 | 章台柳责编 | 兮真核细胞中,m6A是最多的RNA修饰形式。核心亚基METTL3、METTL14、WTAP和其他蛋白KIAA1429、RBM15组成甲基转移酶【1】,即m6A‘writer’,识别序列RRACH,催化形成m6A。FTO、ALKBH5介导m6A的去甲基化【2,3】。m6A的功能性研究目前已经取得巨大的进步,但是mRNA特定位点甲基化的功能还不清楚。实际上,m6A在mRNA上的分布并不均匀,大部分的甲基化集中在终止密码附近【4】,在5’UTR和起始密码子也有m6A的峰。对于m6A的研究主要基于对修饰酶的干扰,导致对整体RNA甲基化的影响;或者对甲基化位点进行突变研究m6A的区域性功能,但核苷酸序列的改变可能引入无法预期的特性,使数据的解读变得复杂。目前的研究工具不能区分单个的m6A修饰的功能。CRISPR-Cas9技术发展迅速,已经实现精确的基因...
2019 - 06 - 17
“第14届国际斑马鱼大会”于2019年6月12-16日在苏州国际博览中心举办。“国际斑马鱼大会”是全球斑马鱼研究领域最具影响力和最权威的系列学术会议,自 1994 年开始一直在美国举办,目前已经举办了13届。为了加强斑马鱼研究的国际合作和推动斑马鱼研究在中国和亚太地区的发展,经多方努力,“第14届国际斑马鱼大会”首次在美国以外的地区(中国苏州)举行。本届大会由国际斑马鱼协会主办,苏州大学和中国动物学会斑马鱼分会承办,大会吸引了上千名来自中国与全球各地的斑马鱼研究人员和专家共同学习探讨。大会开幕式与12日17点在苏州大学特聘教授王晗、清华大学教授孟安明和国际斑马鱼协会会长Mary Mullins的主持下召开。会议沿袭往届美国麦迪逊以及欧洲斑马鱼大会的传统,形式多种多样。会议在开幕式前开设了职业发展工作坊,让从事斑马鱼研究的学生们能在一个更宽松、亲密的氛围中学习并与老师们进行交流。在全体大会报...
Copyright ©2018 - 2019 南京歆佳医药科技有限公司
犀牛云提供企业云服务
地址:中国·江苏省南京市江宁区芝兰路18号3号楼一层
电话: 025-87111206
传真: 025-87111206
邮编:211100
扫描进入微信
www.sanjay.com.cn